Der Bug, dass ständig irgendwelche anderen, zufälligen, teils auch alten Nachrichten wieder als ungelesen im Thunderbird erscheinen, scheint zum Glück nicht nur bei mir aufzutreten. Auch viele andere Leute scheinen dieses Problem in Thunderbird 3.0.1 in Kombination mit einem Dovecot IMAP-Server zu haben, in Thunderbird 3.0.2 gibt es bereits einen Fix für dieses Problem.
Bis Thunderbird 3.0.2 released wird, kann man behelfsweise in Thunderbird CONDSTORE abschalten:
Einstellungen ► Erweitert ► Konfiguration bearbeiten ► mail.server.default.use_condstore auf false setzen.
Danke Werner, du hast mich vor einem Nervenzusammenbruch bewahrt :-)